داستان مگس ها از ایستگاه راه آهن مکزیکوسیتی آغاز می شود جایی که عده ای از مردم شهر می کوشند بنگرد تا به تصور خودشان به دست سربازان سرخپوست قبیله « یاکی» کشته نشوند.