"شهر و دیوارهای نامطمئنش" با داستان زوجی جوان و بینام آغاز میشود، پسر و دختری نوجوان که عاشق یکدیگرند. روزی دختر ناپدید میشود و غیاب او ذهن پسر را تسخیر میکند.
بدین گونه جستوجویی برای این عشق گمشده آغاز میشود که مرد را تا میانسالی و به سفری میان دنیای واقعی و دنیایی دیگر میبرد. به شهری مرموز، شاید خیالی، محصور با دیوارهایی که تک شاخها در آن پرسه میزنند، جایی که نگهبان دروازه تعیین میکند چه کسی میتواند وارد شود و چه کسی باید بیرون بماند، جایی که سایهها از وجود اصلیشان جدا میشوند. مرد با پیروی از رؤیاها و پیش آگاهیهای خود زندگیاش در توکیو را پشت سر میگذارد و به شهری کوچک و کوهستانی میرود. در آن جا مسئولیت کتابخانه را بر عهده میگیرد، صرفاً برای این که از وضعیت اسرارآمیز شخصی آگاه شود که پیش از او این شغل را داشته است. با گذر فصلها و افزایش تردید مرد دربارهی مرزهای نفوذپذیر میان دو دنیا با پسری جوان و عجیب آشنا میشود که به او کمک میکند تا ببیند در تمام این مدت چه چیزی را نادیده گرفته است.