داستان مگس ها از ایستگاه راه آهن مکزیکوسیتی آغاز می شود جایی که عده ای از مردم شهر می کوشند بنگرد تا به تصور خودشان به دست سربازان سرخپوست قبیله « یاکی» کشته نشوند.
این داستان درباره بمباران شهر و کشته شدن غیرنظامیان در جنگ جهانی دوم است و از زندگی دانشمندی به نام هانی میگوید که همسرش را در یکی از همین بمبارانها از دست میدهد.