عمده ی داستان این رمان بر زندگی دو نفر از اهالی آن منطقه متمرکز است: دون خوانتیتو و رودریگز. ارباب های بی وجدان و بی شرف سعی می کنند زندگی این دو مرد را خراب کنند: دون خوانیتو ، یک تاجر صادق ، که از محل زندگی اش دزدیده می شود ، و رودریگز ، یک منشی ایده آلیست .این دو مرد جسور به خود جرئت اعتراض می دهند و ...
داستان مگس ها از ایستگاه راه آهن مکزیکوسیتی آغاز می شود جایی که عده ای از مردم شهر می کوشند بنگرد تا به تصور خودشان به دست سربازان سرخپوست قبیله « یاکی» کشته نشوند.