این رمان واپسین اثر و نتیجۀ تمامی آفرینش های ادبی اوست، حال آن که مدت ها پیش از خلق اثر بیش تر فصل های آن با ایده ها و تصاویر گوناگون از داستانهای فرعی و رویدادهای متنوع در ذهن نویسنده شکل گرفته بود.
بونین در داستانهایی که از او در کتاب آقایی از سانفرانسیسکو گردآوری و ترجمه شدهاند مضامینی چون عشق، سرنوشت، مرگ، جنگ و تقابل فقر و ثروت را دستمایۀ خلق داستان قرار داده است.
ماجرای مرشد و مارگریتا دقیقا داستان زندگی خود نویسنده است. داستان بهصلیبکشیدن مسیح در زمان پونس پیلات، فرمانروای رُمی یهودا، آیینهی تمامنمای دوران سیاه حکمرانی استالین و کشتارهای دستهجمعی مخالفان بهویژه هنرمندان، روشنفکران و دگراندیشان است.