شخصیت های اصلی داستان ناروتو، سوکاکه و ساکورا نام دارند که در امتحان نینجا شدن رد می شوند. اما آنها بیخیال نمی شوند و تصمیم می گیرند با کمک یک مربی خوب به نام کاکاشی در آزمون نینجا موفق شوند. این آزمون نیاز به همکاری و کار تیمی دارد و طوری طراحی شده است تا با همدیگر مبارزه کنند. بنابراین هرکدام از آن ها در تلاش هستند تا اسمشان به عنوان یک قهرمان ثبت بشود.