کتاب ابداعات فلسفی علامه طباطبایی در سه بخش: ۱.منطق و معرفت؛ ۲. امور عامه؛ ۳. الهیات بالمعنی الأخص، تنظیم شده است و هر بخش شامل فصل هایی است و اکثر فصل ها دارای قسمت های متعدد مرتبط با عنوان فصل می باشد. ساختار این نوشتار صرفاً به شکل مسأله محورانه است نه به صورت یک نظام فلسفی.