امام خمینی همهی شاگردانش را دوست داشت، اما به شهید مطهری جور دیگری محبت میورزید. وقتی خبر شهادت استاد را به امام دادند به شدت غمگین شد و تا مدتی توی خودش بود. حدود یک ساعت بعد امام دست به قلم شد: من اگر چه فرزند عزیزی را که پارهی تنم بود از دست دادم، لكن مفتخرم که چنین فرزندان فداکاری در اسلام وجود داشت و دارد. مظهری که در طهارت روح و قوت ایمان و قدرت بیان کمنظیر بود رفت و به ملکوت اعلی پیوست. لکن بدخواهان بدانند که با رفتن او شخصیت اسلامی و علمی و فلسفیاش نمیرود.